Kedudukan Yogyakarta sebagai Ibukota RI yang baru telah mendorong pendirian pendidikan tinggi milik pemerintah dan pendirian pendidikan tinggi oleh swasta. Rencana pendirian pendidikan tinggi oleh pihak swasta dipelopori oleh antara lain Boediarto, Prijono, dan Soenarjo. Dalam pertemuan tanggal 24 Januari 1946 di Sekolah Menengah Tinggi (SMT) di Kotabaru yang dihadiri
tokoh-tokoh nasional telah dibicarakan rencana pendirian sebuah badan penyelenggara pendidikan tinggi oleh yayasan swasta. Dalam pertemuan tersebut juga dibentuk sebuah panitia yang terdiri Ki Hajar Dewantara, Soenarjo, Darmosapoetro, Abutari, B.P.H. Bintoro, Boediarto, Boentaran, Faried Ma‟ruf, Marsito, Prijono, Roosseno, Soekiman, K.R.T. Notojoedo, K.P.H. Nototaroeno, dan Sajid Mangoenjoedo. Tanggal 17 Februari 1946, panitia tersebut berhasil mendapatkan Akta Notaris pendirian yayasan ”Balai
Perguruan Tinggi Gadjah Mada” (BPTGM). Kemudian pada pertemuan tanggal 28 Februari 1946 telah disepakati pembentukan Badan Wakaf dan Dewan Kurator. Badan Wakaf diketuai oleh Boediarto sedangkan presiden Dewan Kurator Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan wakil presidennya adalah Ki Hajar Dewantara. Pengumuman resmi pembentukan BPTGM baru dilakukan pada tanggal 3 Maret 1946 di gedung Komite Nasional Indonesia (KNI) di Malioboro. Pada saat didirikan, BPTGM memiliki dua Fakultas yaitu (1) Faculteit Hoekoem dan Economie, dan (2) Faculteit Sastra, Filsafat, dan Keboedajaan.
Sebenarnya, pada tahun 1946 rencana pendirian bagian pendidikan guru pada BPTGM sudah ada. Hal tersebut terlihat dari Turunan Surat Presiden Dewan Kurator BPTGM yang ditujukan kepada Menteri Pengajaran, Pendidikan dan Kubudayaan tanggal 1 Mei 1946, sebagai berikut:
…direntjanakan djoega pendidikan goeroe … dalam ilmoe bahasa
Indonesia, bahasa Daerah, bahasa Asing, ilmoe Negara, Ekonomi,
Sociologi dsb, sehingga dalam waktoe doea-tiga tahoen Negara kita
dapat mempoenjai goeroe-goeroe jang dipekerdjakan di sekolah
menengah dan sekolah sekolah menengah tinggi ...
Namun karena situasi dan kondisi negara yang belum stabil menyebabkan rencana tersebut belum terealisir dan perkuliahan-perkuliahan juga kurang lancar, bahkan pada akhir tahun 1948 sampai menjelang akhir tahun 1949 perkuliahan berhenti sama sekali akibat pendudukan militer Belanda di Yogyakarta