Perkembangan dan dinamika Arsip UGM sejak didirikan pada tanggal 11 September 2004 hingga saat ini sangat dinamis. Selama 12 tahun, Arsip UGM telah menjalankan berbagai tugas dan fungsi untuk mendukung tri dharma UGM dan tugas dan fungsi sebagai lembaga kearsipan sesuai dengan peraturan perundang-undangan di bidang kearsipan yang berlaku di Indonesia. Perkembangan UGM yang pesat dan tuntutan peningkatan layanan mendorong perlunya penyesuaian/perubahan SOTK Arsip UGM.
Perubahan SOTK Arsip UGM ditetapkan dalam SK Rektor UGM Nomor l/P/SK/HT/2015 Tentang Kedudukan, Fungsi, dan Tugas Organisasi di Lingkungan Universitas Gadjah Mada. Berdasarkan SK Rektor UGM Nomor l/P/SK/HT/2015, unit kerja di lingkungan UGM dikelompokkan dalam 3 kelompok yaitu Unsur Pelaksana Akademik, Unsur Administrasi dan Pengembangan, serta Unsur Penunjang Universitas. Sebelumnya Arsip UGM merupakan Unsur Penunjang Universitas (berdasarkan SK MWA UGM No.12/SK/MWA/2003), sekarang berubah menjadi Unsur Administrasi dan Pengembangan. Pasal 2 dan 3 SK Rektor UGM Nomor l/P/SK/HT/2015 menyebutkan salah satu Unsur Administrasi dan Pengembangan adalah Sekretariat Universitas. Sekretariat Universitas terdiri dari Sekretaris Eksekutif, Kantor Audit Internal, Kantor Hukum dan Organisasi, Kantor Jaminan Mutu, dan Arsip Universitas.
Arsip UGM berkedudukan dibawah koordinasi dan bertanggung jawab kepada Rektor melalui Sekretaris Eksekutif (pasal 26). Struktur Arsip UGM terdiri dari 1) Kepala; 2) Bidang Inovasi, Pelestarian, dan Konservasi Arsip; dan 3) Bidang Informasi dan Pengembangan Sistem Kearsipan (pasal 27). Pada tanggal 11 September 2016 telah dilakukan pelantikan pejabat baru Arsip UGM yaitu D
rs. Supriyanto, M.P.A. sebagai Kepala Bidang Informasi dan Pengembangan Sistem Kearsipan Arsip UGM.
